Antibiotika sind eine wertvolle und in Fällen schwerer, lebensbedrohlicher Infektionen unverzichtbar. Trotzdem werden Antibiotika häufig vorschnell und unbedacht eingesetzt. Dabei bringen sie - gleich zwei - Flüche mit sich: Nebenwirkungen und das Entstehen von Resistenzen.

nebenwirkungen von Antibiotika sind ungewollte und schädliche Auswirkungen auf den Körper und die wichtige natürliche Bakterienflora, das Mikrobiom.

Häufig tritt nach einnahme von einem Antibiotikum eine Schädigung der Darmflora auf. Diese kann zu Durchfall und Darmbeschwerden führen.

Eine Weitere häufige Nebenwirkung ist die Schädigung der nätürlichen Scheidenflora. Die Scheidenflora  besteht hauptsächlich aus Milchsäurebakterien, diese sorgen für eine Nätürliche Abwehr der Vagina gegen Infektionen. Wenn diese Scheidenflora geschädigt wird, ist Häufig ein Scheidenpilz die Folge. Dies wird auch  Vaginalsoor genannt. Die Ursache ist meist eine Infektion mit Pilzen der Candida Familie, am häufigsten tritt Candida albicans auf.

Eine weitere sehr ernste Nebenwirkung kann bei Fluorchinolonen auftreten. Fluorochinolone sind eine Gruppe von Antibiotika und können Gefäß, Muskel- und Sehnenschäden verursachen. Die Substanzen Dieser Medikamentengruppe enden meist auf "oxacin" wie "Ciprofloxacin" und sollten als Reserveantibiotika nur sehr zurückhaltend eingesetzt werden. in den USA ist ihr Einsatz durch die Arzneimittelbehörde FDA auf lebensbedrohliche Infektionen beschränkt, Die Medikamente sind in den USA mit einem besonderen Warnhinweis, einer "BOXED Warning", versehen. Auch die Europäische Arzneimittel Agentur (EMA) und Das deutsche Bundesinstitut für Arzneimittelsicherheit und medizinprodukte  bewerten diese Arzneimittelgruppe kritisch und empfehlen Anwendungsbeschränkungen. In Deutschland ist trotzdem weiterhin eine sehr leichtfertige Verordnungspraxis dieser Substanzgruppe üblich. Auch andere Substanzklassen haben direkte Nebenwirkungen.